Maltraxis: La Ciudad de las Sombras te sumerge en una colosal megalópolis gótico-industria de 40 millones de habitantes en el planeta Noctara, un mundo nacido de la fragmentación de Dios en Nueve Sombras y Nueve Luces. En esta ciudad, la lluvia es eterna, el hollín lo cubre todo y la tecnología magipunk funciona mediante gemas de energía y runas de automatización.

La historia sigue a Gur, un detective cínico con un pasado doloroso y una deuda impagable con la gente equivocada. Para salvar su vida, acepta un encargo suicida de parte de los cobradores de Lucifer: infiltrarse en la inexpugnable Torre Anael y secuestrar a una "chica" que describen como un demonio menor.

Sin embargo, el objetivo resulta ser Rabe, una joven de piel pálida y ojos escarlata que ha pasado diez años en una "jaula de cristal" sin conocer el mundo exterior. Lejos de ser un monstruo, Rabe es una híbrida única que posee una paradoja en su sangre.